Sông Kôn bắt nguồn từ vùng núi cao trên 1.500 m ở phần bắc xã Sông Kôn giáp với huyện Nam Đông tỉnh Thừa Thiên Huế với điểm cao nổi bật là Núi Mang cao 1.708 m, có toạ độ: 16°3′26″B 107°49′3″Đ / 16,05722°B 107,8175°Đ / 16.05722; 107.81750 (Núi Mang).[4]

Sông chảy về hướng nam, qua các xã Sông Kôn, Jơ Ngây, A Ting huyện Đông Giang. Đến thôn Tu Núc xã Ka Dăng thì chuyển hướng đông, sang vùng xã Đại Lãnh huyện Đại Lộc. Tại đây sông Kôn tiếp nhận dòng sông Vàng, là sông cũng bắt nguồn từ phía đông huyện Đông Giang.

Tại xã Đại Lãnh sông Kôn đổ vào sông Vu Gia.